circos images使用指南

什么是circos images

circos images是一种数据可视化工具，它可以将不同类型的数据以环形图的形式呈现出来，方便人们查看和理解数据之间的关联。circos images支持的数据类型非常广泛，包括基因组数据、表达数据、蛋白质互作数据等。circos images以其美观、直观、灵活的特点广泛应用于生物信息学、生命科学等领域。

circos images的基本用法

circos images的基本用法可以概括为以下四个步骤：

• 准备数据文件
• 编写circos配置文件
• 生成circos图
• 调整circos图样式

下面我们将对这四个步骤依次进行讲解。

准备数据文件

circos images需要特定格式的数据文件，这些文件通常由用户根据自己的需要进行编写。下面是一份简单的表达数据文件示例：

	chromosome	gene	start	end	exp1	exp2
	chr1	ACACA	1000	2000	2.5	3.1
	chr1	ACATC	3000	4000	1.8	2.3
	chr1	ACAA1	5000	6000	0.9	1.5
	chr2	ACAT2	10000	11000	4.2	3.8
	chr2	ACATC	13000	14000	2.5	1.9
	chr2	ACAA1	16000	17000	1.2	1.0
	

该数据文件共有六列，分别表示染色体编号、基因名、基因起始和终止位置、表达量1、表达量2。不同列之间用tab键隔开。

编写circos配置文件

circos images的配置文件使用Perl语言编写，它指定了生成图像的各种参数，比如数据文件路径、坐标轴范围、颜色、字体等。下面是一份简单的circos配置文件示例：

	karyotype=karyotype.txt
	
	
	
	default=0.005r
	
	
	show_label=yes
	label_font=condensed
	ticks=yes
	tick_label_font=condensed
	tick_label_format=%d
	
	
	
	chr1=blue
	chr2=red
	
	
	
	
	ribbon=yes
	file=data.txt
	
	
	

该配置文件设置了karyotype文件路径、染色体轮廓的颜色和样式、基因互作关系图的样式等参数。通过修改这些参数，我们可以自定义生成的circos图样式。

生成circos图

在准备好数据文件和circos配置文件后，我们就可以生成circos图了。circos images提供了命令行工具，可以通过指定数据文件和配置文件路径来生成circos图。下面是生成circos图的命令：

	perl circos -conf circos.conf
	

调整circos图样式

由于circos images生成的图像相对美观，所以我们可以从更多的角度对其进行调整。比如，我们可以调整染色体颜色和样式、线条宽度、标签文字大小及位置等。下面是一个简单的circos图调整代码示例：

	
	
	default=0.005r
	
	
	show_label=yes
	label_font=condensed
	ticks=yes
	tick_label_font=condensed
	tick_label_format=%d
	
	
	
	
	fill_color=vvdarkyellow
	
	
	
	
	
	
	ribbon=yes
	fill_color=vvlime
	color=black
	thickness=2p
	show=yes
	file=links.txt
	
	
	
	legend=yes
	background=vdgrey
	border=vdbrown
	height=2u
	thickness=50p
	position=edge_east
	
	
	

该代码改变了染色体轮廓的样式、互作关系图线条的宽度和颜色等。

总结

本篇文章介绍了circos images的基本用法，包括准备数据文件、编写circos配置文件、生成circos图和调整circos图样式。circos images是一种非常强大的数据可视化工具，具有美观、直观、灵活等特点，被广泛应用于生物信息学、生命科学等领域。