circos中connector的用途

什么是connector?

在circos中，connector是指连接两个轨道（track）之间的线条，可以连接同一个图表（ideogram）内的不同轨道，也可以连接不同的图表之间的轨道。

以下是一个连接同一图表内两个轨道的connector示例：

# 连接两个轨道的connector
between_half1_and_half2=1
type=connector
color=black

connector有什么用?

connector的主要作用是用于展示轨道之间的联系，可以帮助用户更好地理解数据。通常，connector连接的是两个相关的轨道，例如连接基因组注释和基因组比对的轨道，即可更好地展示两者之间的关系。

以下是一个连接基因组注释和基因组比对的轨道的connector示例：

# 连接基因组注释和基因组比对的轨道的connector
between_annotation_and_alignment=1
type=connector
color=dgreen
thickness=2

如何设置connector的样式?

在circos配置文件中，可以通过设置不同的参数来修改connector的样式，包括颜色、线条粗细、连接方式等。下面是一些常用的设置示例：

设置颜色：

color=black

设置线条粗细：

thickness=2

设置连接方式：

# 直线连接
bicolor=no
bezier_radius=-1

# 弯曲连接（通过调整bezier_radius的值来控制弯曲程度）
bicolor=yes
bezier_radius=0.25r

connector的规范使用

在使用connector时，需要注意以下几点：

• 尽量避免在同一图表内使用过多的connector，这会导致图表过于复杂，难以理解。
• 使用不同的颜色和线条粗细来区分不同的connector。
• 尽量避免使用过长或过于复杂的connector，可以考虑使用多个短连接来代替。