NAR发布全新噬菌体捕获工具Prophage Hunter如何用

Prophage Hunter说明

Prophage Hunter是一个全新的噬菌体捕获工具，专门设计用于发现其宿主基因组中隐藏的噬菌体序列。该工具主要基于CRISPR-Cas系统工作，可以尽可能地提高噬菌体序列的捕获效率，同时降低假阳性的发生率。

安装和使用

Prophage Hunter可以通过以下方式进行安装：

pip install prophage_hunter

使用Prophage Hunter时，你需要提供以下参数:

import prophage_hunter

fastq_file = "data/sample.fastq"
reference_file = "data/reference.fasta"
prophage_regions = prophage_hunter.find_prophage(fastq_file, reference_file, threshold=0.01)

在上面的示例中，我们根据提供的fastq文件和参考基因组文件进行噬菌体序列的分析，并通过阈值参数设置了噬菌体预测的敏感度。

输出结果

Prophage Hunter的输出结果主要包括：

1. Prophage序列的位置和长度
2. 序列标签

你可以通过以下方式输出结果：

for region in prophage_regions:
    print("Prophage location: %s-%s" % (region.start, region.end))
    print("Sequence label: %s" % region.label)

总结

Prophage Hunter是一个全新的噬菌体捕获工具，通过CRISPR-Cas系统提高了噬菌体序列的捕获效率和预测的准确率。通过提供fastq文件和参考基因组文件，Prophage Hunter可以快速地分析数据并输出结果。